Konfigurasi utama modul EDI biasanya berkisar pada tiga bidang: interoperabilitas komunikasi, pemrosesan data, dan kolaborasi bisnis. Hal ini memastikan pertukaran data bisnis yang stabil dan akurat antara sistem perusahaan yang berbeda. Dalam praktiknya, konfigurasi ini umumnya diselesaikan dalam platform integrasi atau middleware, dan disesuaikan menurut kebutuhan mitra yang berbeda.
Konfigurasi lapisan komunikasi berfokus pada pengaturan metode interoperabilitas dan parameter keamanan, seperti penggunaan protokol transmisi seperti jaringan AS2, SFTP, atau VAN. Hal ini juga memerlukan konfigurasi informasi identifikasi (ID Mitra), sertifikat, metode enkripsi, dan aturan tanda tangan dari kedua pihak yang berkomunikasi untuk memastikan keamanan dan integritas data selama transmisi. Selain itu, pengaturan antrian pesan, mekanisme percobaan ulang, dan aturan batas waktu juga termasuk dalam bagian ini, yang digunakan untuk meningkatkan keandalan transmisi.
Konfigurasi data dan bisnis terutama mencakup definisi jenis pesan, aturan pemetaan bidang, dan aturan konversi format. Struktur data sering kali berbeda antar perusahaan, sehingga konfigurasi pemetaan diperlukan untuk memetakan bidang sistem internal ke bidang standar EDI. Aturan pemicu bisnis juga dikonfigurasikan, seperti pembuatan pesanan, umpan balik pengiriman, atau siklus rekonsiliasi, sehingga memungkinkan pertukaran data EDI untuk tertanam dalam proses bisnis tertentu.